El Comité Ejecutivo de la Universidad Boliviana es el organismo central que representa al Sistema de la Universidad Boliviana, encargado de coordinar, programar y ejecutar actividades académicas, administrativas y financieras de acuerdo a Resoluciones de Congresos, Conferencias y solicitudes de las universidades del SUB.
Del 20 al 27 de octubre de 1941 en la ciudad de Sucre se llevó a cabo el I Congreso Nacional de Universidades Bolivianas, lugar donde se decidió conformar la Asociación de Universidades Bolivianas “con el objeto de coordinar sus fines y funciones, asociar sus esfuerzos, fomentar su solidaridad y defender la Autonomía Universitaria”. En dicho evento aprueban, el primer Estatuto Orgánico del Sistema.
Del 13 al 19 de octubre de 1958 en la ciudad de Sucre se instaló el II Congreso Nacional de Universidades Bolivianas, donde se determinó “Crear la Secretaría General de las Universidades Bolivianas, como un servicio administrativo de coordinación de las universidades”.
Del 15 al 22 de mayo de 1969 en la ciudad de La Paz, se celebró el III Congreso Nacional de Universidades Bolivianas, donde se aprobó el Estatuto Orgánico de la Asociación de Universidades Bolivianas (AUB). En el que se estableció la Secretaría Nacional de Coordinación y Planeamiento Universitario como “el organismo administrativo de la Asociación, encargado de cumplir las tareas que le asignen los Congresos y los Consejos Nacionales de Universidades”.
Del 4 al 10 de julio de 1971 en la ciudad de Trinidad se desarrolla el IV Congreso Nacional de Universidades Bolivianas, en su primera Resolución “crea un SECRETARIADO EJECUTIVO DE LA UNIVERSIDAD BOLIVIANA, cuya sigla es SEUB, compuesto por tres miembros ejecutivos de igual jerarquía elegidos por este Congreso”.
Del 11 al 16 de diciembre de 1978 se efectuó en Cochabamba, el V Congreso Nacional de Universidades, donde se constituyó el Comité Ejecutivo, como su organismo central, encargado de coordinar, planificar, programar y relacionar las actividades académicas, administrativas y financieras de la educación superior.